Salah satu masalah klasik dalam implementasi ERP adalah ketidaksesuaian antara proses bisnis perusahaan dengan prosedur atau fasilitas pada paket ERP yang diimplementasikan. Bagi perusahaan yang termasuk kategori SME (small to medium enterprise), hal ini tentulah sangat kritikal. Tidak seperti big enterprise yang memiliki modal untuk melakukan business process breakthrough, perusahaan kecil menengah umumnya lebih suka mempertahankan cara mereka menjalankan bisnisnya.

Berbeda dengan perusahaan besar yang mengimplementasikan ERP dalam rangka mengembangkan keunggulan kompetitif mereka. Perusahaan kecil menengah umumnya mengimplementasikan ERP untuk mendapatkan insight yang lebih baik atas bisnis mereka sambil mempertahankan keunggulan yang mereka miliki. Salah satu keunggulan yang ingin dipertahankan tersebut adalah keunikan proses bisnis mereka.

Efek logis dari hal ini adalah perusahaan kecil menengah menginginkan sebuah solusi ERP yang cocok dengan proses bisnis mereka, sebuah solusi yang membutuhkan perubahan yang minimal (bahkan tanpa perlu perubahan) pada proses bisnis mereka. Pada titik inilah terjadi pertarungan antara model best practice dengan as is. Pertarungan dua model tersebut tidak sekedar masalah customizabilty dari paket ERP yang diimplementasikan, tapi juga kemampun implementor dalam memahami proses bisnis dan memberi solusi yang sesuai.

Kemampuan paket ERP untuk di customize adalah faktor kunci dalam menyesuaikan paket tersebut dengan proses bisnis yang ada. Patut diingat, bahwa kemampuan kustomisasi tidak hanya masalah ‘bisa’ atau ‘tidak’, tetapi juga menyangkut biaya (berupa uang atau sumber daya lain) kustomisasi, level kustomisasi dan lain-lain. Dengan mempertimbangkan hal-hal tersebut,  kelengkapan fungsi yang dimiliki juga menjadi faktor penentu. Semakin lengkap fungsi-fungsi yang dimiliki oleh sebuah paket ERP, umumnya akan semakin dangkal level kustomisasi yang diperlukan.

Bagi implementor ERP, hal ini berarti mereka dituntut untuk memahami proses yang terjadi pada perusahaan tersebut dan memberi nilai tambah melalui ERP yang diimplementasikan. Pemahaman tentang proses bisnis tidak sekedar pemahaman tentang prosedur, tetapi juga pemahaman tentang value yang melatari atau dihasilkan dari proses bisnis tersebut. Dengan memahami value (baik business value maupun cultural value) tersebut, implementor dapat mendapatkan kesimpulan yang tepat tentang proses-proses yang perlu diubah atau dipertahankan.